BOTANIC-0: a series of foundation models for plant genomic data
本文介绍了 Botanic0 系列植物基因组基础模型,该系列包含 1 亿至 10 亿参数,在 43 种系统发育多样的植物基因组上进行预训练,并在零样本和微调设置下于多种基因组预测任务中展现出与最先进模型相媲美的性能,从而为作物改良和基因型到表型建模奠定了基础。
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植物生物学探索着从微小种子到参天巨树的整个生命奥秘,揭示它们如何感知环境、进行光合作用以及与周围世界互动。这一领域不仅关乎农业丰收,更关乎地球生态系统的平衡与未来。在 Gist.Science 上,我们致力于让前沿发现触手可及,特别关注来自 bioRxiv 的最新预印本。
我们的团队会持续追踪并处理该分类下的每一份新预印本,为每篇论文提供通俗易懂的科普解读以及详尽的技术性摘要,帮助不同背景的读者跨越专业术语的障碍,直接把握研究核心。
以下为您整理了近期 bioRxiv 在植物生物学领域发布的最新研究成果,欢迎随时查阅。
本文介绍了 Botanic0 系列植物基因组基础模型,该系列包含 1 亿至 10 亿参数,在 43 种系统发育多样的植物基因组上进行预训练,并在零样本和微调设置下于多种基因组预测任务中展现出与最先进模型相媲美的性能,从而为作物改良和基因型到表型建模奠定了基础。
该研究通过整合自然生境下超过 3000 株拟南芥的表型与转录组数据,利用机器学习成功预测并验证了包括 PIF4 在内的温度响应调控因子,证明了景观转录组学是连接气候波动、基因表达与植物表型并实现气候适应性功能基因组学预测的可扩展框架。
该研究通过半自动图像分析技术评估了蚕豆和白三叶草的早期根系发育,并证实了温室根系表型与田间产量之间存在显著的遗传相关性,表明早期根系筛选可作为提升北欧地区豆科作物育种效率的有效策略。
该研究通过对两种温带树种的观测发现,茎干光合作用与呼吸作用在季节上高度协调,其活性随生长活动和水分状况同步变化,而叶绿素含量对季节性波动的解释力相对较弱。
该研究揭示了干旱胁迫强度如何调节甜菜在叶片营养质量与挥发性物质释放之间的代谢权衡,进而通过改变寄主可探测性和营养适宜性,对甜菜潜叶蝇的产卵选择及幼虫发育产生截然不同的影响。
该研究通过对北美 Heuchera 杂交区进行大规模的核基因组与质体基因组深度采样,证实了冰期气候动态通过塑造东西部避难所差异,促成了多次独立的叶绿体捕获事件及单向基因渐渗,从而修正了关于该杂交系统历史单一事件的旧有假说。
该研究利用逻辑模型和新的物种名录,分析了凤梨科物种发现的历史趋势与地理分布,预测其实际物种总数约为 6,658 至 7,498 种,表明目前仅描述了其中约一半,并指出巴西、墨西哥及安第斯地区是未来新物种发现的主要热点。
本研究发布了毛叶秋海棠(Begonia manicata)的基因组序列,揭示了其叶茎红色结构中花青素积累及色素沉着的关键基因调控机制,为秋海棠属植物的色素研究提供了重要资源。
该研究通过整合挥发性有机化合物分析与传粉者观测,揭示了北美绣球属(Heuchera)杂交带中传粉互作保守性(即花香与传粉者群落的高度相似性)可能是导致其频繁发生种间杂交的关键生态驱动因素。
该研究通过对欧洲紫杉(Taxus baccata)进行基因组分析,首次发现该物种不存在遗传性别决定区域,表明其性别可能由表观遗传机制而非基因决定,并提示这种机制在裸子植物中可能广泛存在。